Para além dos sintomas de irritação das vias urinárias, tais como urinação frequente, urgente e dolorosa, a uretrite crónica pode também levar a aderências da mucosa uretral e mesmo a estricção e obstrução uretral. Além disso, a uretrite crónica pode, com o tempo, levar a uma combinação de nefrite ou ureterite, e em casos graves, pode afectar a função renal e levar à insuficiência renal crónica. Os doentes com IU crónicas são também propensos a outras infecções geniturinárias, e em casos graves, isto pode mesmo levar a doenças inflamatórias pélvicas, causando infertilidade e outras complicações. É por isso que os doentes com IU crónicas devem ser tratados prontamente com terapia anti-infecciosa de acordo com o tipo de infecção, a fim de remover completamente os agentes patogénicos e permitir a cura da inflamação crónica, bem como de normalizar o tratamento o mais cedo possível durante a fase aguda da IU para evitar a inflamação crónica.