Nos tempos actuais, o tratamento preferido para pacientes com síndrome do intestino curto é a terapia de apoio farmacológico e nutricional.
A reabilitação intestinal, uma abordagem eficaz desenvolvida com base no apoio nutricional, é a melhor opção de tratamento actual para a síndrome do intestino delgado nos casos em que o intestino delgado residual é melhor compensado e o doente é capaz de voltar a uma dieta oral diária ou a preparações nutricionais enterais.
Quando a função intestinal não é compensada e a nutrição parenteral não é tolerada, o tratamento cirúrgico pode ser considerado.