A diarreia é o sintoma e a complicação mais comum da síndrome do intestino curto. Se ocorrer diarreia nos doentes, durante o apoio nutricional, deve ser prestada atenção para abrandar a taxa de infusão das preparações nutricionais enterais, reduzir a concentração das preparações nutricionais, aquecer ou utilizar medicamentos anti-diarreicos, tal como prescrito pelo médico, aplicar medicamentos que atrasem a passagem do conteúdo intestinal e reduzam a secreção gastrointestinal, etc. Se a diarreia for causada por uma dieta inadequada, a estrutura da dieta deve ser ajustada ou a quantidade de dieta deve ser reduzida ou mesmo acelerada e mudada para a nutrição parenteral.
Para distúrbios hidroelectrolíticos e desequilíbrios ácido-base causados por diarreia, é necessária a suplementação oral ou intravenosa, bem como a suplementação com vitaminas e oligoelementos.