A enterite crónica também pode ser carcinogénica, principalmente devido à irritação inflamatória repetida do tracto intestinal, levando à formação de úlceras na mucosa do canal intestinal, e eventualmente a úlceras localizadas e carcinoma, bem como ao aumento da dor abdominal com sangue nos movimentos intestinais e anemia significativa. À medida que o tumor progride, o doente pode também desenvolver obstrução intestinal, e os tumores malignos são propensos à invasão de órgãos adjacentes ou obstrução intestinal secundária e metástases peritoneais na cavidade abdominal, resultando em ascite. Os pacientes com enterite crónica devem, portanto, ser tratados sistematicamente e deve ser realizada uma colonoscopia. Se a ulceração ou hiperplasia atípica for evidente, deve ser realizada uma cirurgia para remover o segmento intestinal doente e, em alguns casos, deve ser administrada quimioterapia.