Durante uma colonoscopia, os pacientes podem normalmente experimentar uma sensação de movimentos intestinais, sensação de corpo estranho e dor no abdómen. A dor varia de pessoa para pessoa, mas a maioria dos pacientes pode tolerá-la. O cateter durante a colonoscopia é normalmente inserido do ânus no tracto intestinal, onde o paciente pode experimentar uma sensação distinta de movimentos intestinais e de corpo estranho. O cateter é normalmente preenchido com gás para que possa viajar e fotografar a cavidade intestinal, pelo que o paciente pode também sentir distensão abdominal e dor. Devido à forma curva do intestino, a dor abdominal pode também resultar quando o tubo entra num ponto de inflexão. Os pacientes podem normalmente tolerar este desconforto bem como a dor, mas algumas pessoas sensíveis à dor podem achar o procedimento invulgarmente doloroso. Para aqueles que o podem tolerar, normalmente não é necessário nenhum tratamento especial. No entanto, para pacientes sensíveis à dor, uma colonoscopia sem dor pode ser reservada com o conselho de um médico especialista para reduzir a dor e o desconforto através da anestesia por um anestesista especializado. Antes da colonoscopia, os pacientes terão de preparar o seu intestino de acordo com os conselhos médicos. Na véspera do teste, terá de comer uma dieta líquida, com baixo teor de migalhas, como papas ou massa, e nenhuma refeição matinal no dia do teste. Os doentes devem também tomar medicamentos para a limpeza intestinal, tais como a solução oral de polietilenoglicol electrólito.