O carcinoma nasofaríngeo tem origem no epitélio da mucosa nasofaríngea e foi confirmada a diferenciação epitelial escamosa em microscopia ligeira e ultra-estrutura. A encenação histológica baseia-se na Classificação da Organização Mundial de Saúde do Carcinoma Nasofaríngeo 2003, e está dividida em carcinoma espinocelular queratinizante, carcinoma espinocelular não queratinizante e carcinoma espinocelular basocelular.