O refluxo ácido a longo prazo pode potencialmente causar cancro do esófago. Isto deve-se principalmente ao facto de o ácido estomacal ser um ácido forte.
Se este sintoma existir durante muito tempo, causará danos no tecido epitelial do esófago, causando sintomas tais como inflamação, que com o tempo podem causar alterações no tecido celular e eventualmente induzir cancro do esófago.