Se um doente com SIDA não tomar medicamentos antivirais, o vírus continuará a replicar-se no corpo. À medida que o vírus continua a replicar-se, o sistema imunitário continua comprometido e a contagem de linfócitos CD4+ T diminuirá gradualmente. À medida que a contagem de linfócitos CD4+ T cai para um determinado nível, o paciente entrará na fase da SIDA. Durante a fase da SIDA, os doentes podem desenvolver febre, suores nocturnos, diarreia com duração superior a um mês, perda de peso superior a 10%, e várias infecções oportunistas tais como pneumonia por Pneumocystis e meningite criptocócica. Podem também desenvolver-se tumores, tais como linfoma maligno, sarcoma de Kaposi, etc. Portanto, os doentes com SIDA devem aderir aos seus medicamentos antivirais para evitar entrar na fase da SIDA.