Se as amígdalas não puderem ser removidas através de gargarejos repetidos pelo próprio paciente, é clinicamente recomendado ir a um hospital para limpeza por um médico. Em geral, o processo é mais ou menos assim: o médico pode utilizar um dispositivo de sucção ou uma pequena pinça para retirar as pedras de amígdala da cripta, o que é mais adequado para as pedras de amígdala que estão expostas e não são particularmente grandes. Se as pedras da amígdala forem relativamente grandes ou enterradas mais profundamente, a anestesia local da mucosa pode ser utilizada para remover as pedras, utilizando uma pequena lâmina para cortar a mucosa de forma apropriada. Este procedimento deve ser feito para evitar que as pedras caiam na traqueia e formem um corpo estranho na traqueia. Em pacientes individuais, se os cálculos não puderem ser tratados por este método, as amígdalas podem ser removidas cirurgicamente para curar os cálculos das amígdalas.