Uma vez que a maioria das amígdalas é causada por inflamação recorrente das próprias amígdalas ou falta de atenção à higiene oral, métodos de tratamento conservadores como a massagem das próprias amígdalas, irrigação da cripta, enxaguamento com colutório, e escovar os dentes após as refeições e antes de dormir podem ser adoptados, mas o efeito do tratamento a longo prazo não é particularmente satisfatório. A amigdalectomia é o único tratamento radical, porque estas pedras podem ser o resultado da presença de tampões de pus nas amígdalas, que se acumulam durante um período de tempo e são excretadas do interior das amígdalas. Os ataques repetidos de amigdalite são muito maus para o corpo e podem facilmente causar lesões nos tecidos e órgãos circundantes, e podem também levar a algumas doenças sistémicas, tais como nefrite e doenças de pele. Especialmente para adultos, a função imunitária das amígdalas não é particularmente óbvia, por isso, se a inflamação ocorrer repetidamente, é muito má para o corpo, e recomenda-se que as amígdalas sejam removidas.