Existem muitos tipos de infecções por micoplasma, como o Mycoplasma pneumoniae que causa infecções pulmonares e o Mycoplasma urealyticum que causa infecções do trato urinário, que não podem ser tratados da mesma forma. Quando a infeção por Mycoplasma pneumoniae ocorre pela primeira vez, pode escolher azitromicina, roxitromicina, claritromicina e outros antibióticos para o tratamento, ou optar por fazer um teste de sensibilidade aos medicamentos, de acordo com os resultados do teste de sensibilidade aos medicamentos, escolher um antibiótico razoável para o tratamento, normalmente 5~7 dias podem ser curados. O tempo de tratamento é mais longo quando ocorre uma infeção por Mycoplasma deiureticum, alguns doentes podem necessitar de 7-14 dias. Os critérios para diagnosticar a cura são o desaparecimento dos sintomas clínicos do doente e o facto de as culturas de micoplasma serem continuamente negativas, o que permite considerar a cura. Uma parte dos doentes pode ter resistência ao micoplasma, insensível aos antibióticos macrólidos, podendo ser tratada durante um período de tempo mais longo, sendo necessário aguardar os resultados dos testes de sensibilidade aos fármacos, que normalmente têm de ser tratados durante cerca de 14 dias. Para os doentes com infecções por micoplasma, recomenda-se que consultem os serviços competentes dos hospitais regulares.