As IU masculinas são geralmente tratadas com medicamentos que visam a infecção bacteriana patogénica. Dividem-se geralmente em uretrite gonocócica e não gonocócica, que são geralmente acompanhadas por uma micção dolorosa e descarga uretral de cor ligeiramente amarelada ou purulenta. A IU Gonocócica é transmitida através do contacto sexual e é causada pela infecção por Neisseria gonorrhoeae. Para o tratamento, na prática clínica, os antibióticos de penicilina e cefalosporinas são principalmente preferidos, e o tratamento intravenoso é geralmente mais eficaz, por exemplo, a infusão de ceftriaxona durante 3 dias. Nas IU não-gonocócicas, existem muitos organismos causadores, tais como o micoplasma e a clamídia, e é importante seleccionar antibióticos sensíveis de acordo com o organismo causador. As IU agudas causadas por bactérias intestinais podem ser tratadas com terapia anti-infecciosa com levofloxacina. Os antibióticos de eritromicina são preferidos para as IU causadas por Mycoplasma ou Clamídia. Em resumo, quando um homem desenvolve um ITU, a primeira escolha é fazer um diagnóstico definitivo. São necessários testes básicos como a rotina e a cultura da urina, e os antibióticos podem ser utilizados empiricamente antes dos resultados da cultura da urina estarem disponíveis.