A duração exacta da vida para a doença cardíaca congénita depende da condição específica da doença cardíaca congénita, como defeito do septo atrial, o prognóstico é geralmente bom, com uma esperança de vida natural média de 50 anos e alguns doentes podem viver até 70 anos. Se o defeito for grande, é propenso a hipertensão pulmonar e insuficiência cardíaca, e o prognóstico é mais pobre. O prognóstico é particularmente pobre em defeitos onde o primeiro forame não está fechado. No caso de defeitos do septo ventricular, o prognóstico também é bom para aqueles com pequenos defeitos e uma esperança de vida natural de 70-80 anos. Os pequenos defeitos podem fechar por si mesmos aos 10 anos de idade, enquanto que os grandes defeitos podem desenvolver insuficiência cardíaca aos 1-2 anos de idade, mas podem melhorar mais tarde, mas o prognóstico para crianças com hipertensão pulmonar também é pobre. Por isso, é importante enfrentar os cuidados diários das doenças cardíacas congénitas, sugerindo uma vida sensata, medicação sensata, prevenção de infecções e revisões regulares para que a criança possa atingir com segurança a idade da cirurgia.