As causas das doenças cardíacas congénitas não são exactas, mas as causas possíveis são as seguintes: 1. doenças durante a gravidez da mãe, especialmente doenças com doenças tóxicas, tais como constipações e rubéola, são susceptíveis de causar doenças cardíacas congénitas; 2. o uso de drogas durante a gravidez da mulher, por exemplo, nas fases iniciais da gravidez, quando ela não sabe que está grávida e começa a usar drogas devido a uma determinada doença, algumas das quais são susceptíveis de ter efeitos teratogénicos; 3. hereditariedade. Algumas famílias têm este tipo de predisposição genética. As causas mais comuns são as três condições acima mencionadas, mas as três condições acima mencionadas não conduzem necessariamente a doenças cardíacas congénitas, e as causas das doenças cardíacas congénitas, incluindo defeitos do septo ventricular, são agora imprecisas.