A recuperação total da meningite criptocócica depende de um tratamento atempado e se o sistema imunitário do próprio paciente é normal. A meningite criptocócica é uma doença muito perigosa e difícil de tratar e tem uma alta taxa de mortalidade se não for tratada rápida e regularmente.
Por conseguinte, o tratamento imediato é essencial. Embora alguns doentes possam ter sintomas residuais após a cura da doença, é possível recuperar completamente se o sistema imunitário do doente for adequado e o tratamento for atempado e normalizado.