O tratamento da nova meningite criptocócica é frequentemente dividido em três fases: uma fase de indução, uma fase de consolidação e uma fase de manutenção, que pode durar até um ano e requer um excelente cumprimento da medicação e auto-disciplina para evitar uma recaída devido a tratamento irregular. Se a doença for mal controlada e puder voltar a ocorrer, a duração do tratamento é correspondentemente mais longa e mais difícil de tratar.