O efeito secundário é a lesão da mucosa nasal. Os danos causados pela endoscopia nasal são principalmente mecânicos. Em alguns doentes, a cavidade nasal é muito estreita ou as anomalias anatómicas da cavidade nasal são mais pronunciadas e a mucosa nasal pode ser esfregada durante o exame, causando sintomas tais como inflamação e dor na mucosa nasal.