Não há medicamentos de tratamento específico para pacientes com IU devido a diferenças individuais. As IU são reacções inflamatórias do tracto urinário causadas por agentes patogénicos tais como bactérias, Chlamydia trachomatis ou Mycoplasma solium. Para as IU causadas por infecções bacterianas, o tratamento pode incluir penicilina ou antibióticos de cefalosporina como amoxicilina, ceftriaxona e ceftazidima, ou quinolonas como norfloxacina e ofloxacina. Para as IU causadas por Chlamydia trachomatis ou infecções por Mycoplasma solium, podem ser escolhidos medicamentos como azitromicina, eritromicina, doxiciclina ou ofloxacina.