Se o doente nascer com heterocromia congénita da íris, a maioria dos casos não afecta a saúde do doente e normalmente não necessita de tratamento se não for acompanhado por outras queixas oculares e corporais. Os doentes com heterocromia adquirida da íris, que é causada por uma doença após o nascimento, devem procurar assistência médica imediata, pois pode levar à atrofia da íris, visão turva, deficiência visual, congestão ocular e lentes enevoadas, dependendo dos factores causais.