Na maioria dos casos de heterocromia congénita da íris, a condição não afecta a saúde do doente e não requer tratamento se não for acompanhada de outras queixas oculares e corporais. Para pacientes com heterocromia adquirida da íris, a condição é causada por uma doença após o nascimento, que pode levar à atrofia da íris, visão desfocada, deficiência visual, congestão ocular, turvação das lentes, e outros sintomas, pelo que é importante procurar assistência médica imediata.