Os doentes com IU podem ser tratados com amoxicilina ou levofloxacina, geralmente apenas um dos antibióticos. O Levofloxacin é normalmente utilizado com mais frequência porque as quinolonas são mais eficazes contra uma vasta gama de bactérias, incluindo E. coli, e são portanto mais adequadas para o tratamento de IU. Os pacientes com IU devem ter o cuidado de continuar a utilizar antibióticos durante 7-10 dias após os sintomas terem desaparecido, para que as bactérias possam ser totalmente erradicadas e evitar o aparecimento de alguma resistência bacteriana, o que pode levar a uma infecção prolongada. Se a amoxicilina for utilizada para tratar IU, é importante notar que não deve ser utilizada em doentes com alergia à penicilina. Os doentes com IU podem tomar estes antibióticos juntamente com comprimidos de ouro triplo e permetrina flavonóide para melhorar a irritação do tracto urinário.