A infecção por Chlamydia trachomatis da conjuntiva leva à Chlamydia trachomatis conjunctivitis, uma inflamação conjuntival infecciosa crónica que costumava ser muito comum no passado, principalmente devido a uma higiene pessoal ou colectiva deficiente, mas que agora é menos comum. Os sintomas da doença incluem papilas conjuntivas, formação de folículos, ceratite do epitélio ou formação de opacidades vasculares no limbo da córnea, todas elas típicas do tracoma. As drogas mais utilizadas para o tratamento do tracoma são a rifampicina, sulfacetamida de sódio e gotas oftálmicas de fotalidona, que são utilizadas durante 1-3 meses.