Para a conjuntivite neonatal, a Chlamydia trachomatis é o principal agente patogénico, sendo responsável por 10%-74% dos casos, muito superior aos gonococos, e pode também levar ao tracoma. Chlamydia trachomatis é uma bactéria Gram-negativa que carece do sistema enzimático para sintetizar substâncias de alta energia (por exemplo, ATP) e é um parasita procariótico, intra-epitelial. Chlamydia trachomatis é o agente patogénico mais próximo do género Chlamydia para os humanos e é susceptível de invadir o epitélio das vias urinárias e genitais. Existem 15 subtipos de Chlamydia trachomatis, com subtipos D a K que causam infecções do tracto genital e oculares e 10 serótipos, incluindo D-K, Da e Ia, causando conjuntivite em recém-nascidos. A Chlamydia trachomatis está disseminada no ar, na pele e nas secreções dos pacientes e é transmitida por muitas vias diferentes. Em particular, as pessoas com tracoma têm frequentemente olhos vermelhos e descarga de muco, por vezes com olhos a pingar, e os microrganismos patogénicos do tracoma contidos nas secreções podem facilmente propagar-se a dedos, roupas, toalhas, utensílios de lavagem ou outros objectos com que entram em contacto, e quando as pessoas estão em contacto próximo, a Chlamydia trachomatis é facilmente transmitida através do contacto cruzado. Isto pode levar a infecções repetidas, o que pode aumentar a gravidade da inflamação do tracoma.