As causas fisiológicas do vómito neonatal estão intimamente relacionadas com o facto de os esfíncteres do seu sistema digestivo ainda não se terem desenvolvido adequadamente.
O estômago humano tem duas portas, a do cárdio e a do piloro. O cárdia é a entrada dos alimentos, e sob a acção do esfíncter, abre-se automaticamente quando comemos e fecha-se naturalmente no final da refeição. O corpo do recém-nascido ainda não está totalmente desenvolvido, a membrana mucosa do esófago é tenra e o esfíncter está solto. Quando o estômago começa a mover-se e a pressão interna aumenta, a cárdia abre-se acidentalmente, provocando o refluxo do leite de volta para o esófago e finalmente para a boca, resultando na cuspidela do bebé. As causas fisiológicas do cuspir vão melhorar gradualmente à medida que o bebé cresce.