Se se sentir tonto depois de tomar progesterona, isso deve-se principalmente aos efeitos secundários da progesterona. Recomenda-se dormir imediatamente depois de o tomar por via oral à noite, para que se evitem as tonturas. Como todos os medicamentos têm efeitos secundários, alguns deles podem causar reacções gastrointestinais, tais como náuseas e vómitos. Algumas drogas podem causar tonturas, e outras podem causar diarreia, pelo que os efeitos secundários são diferentes para cada droga. Um efeito secundário clínico da progesterona é que pode causar tonturas, que normalmente ocorrem 1-3 horas após a toma do medicamento e podem ser suficientemente graves para causar desmaios, pelo que deve ser sempre tomado oralmente antes de ir para a cama. Também é melhor tomar progesterona oralmente sob a orientação de um médico, pois é um progestagénio e pode tratar a deficiência de progesterona causadora de pré-eclâmpsia, ou distúrbios menstruais devido a insuficiência luteal, ou induzir menstruação.