Os focos intracranianos de calcificação múltipla, tal como os focos de calcificação óssea ou pulmonar, são causados por lesões antigas ou calcificação fisiológica, tais como a glândula pineal e os gânglios basais do plexo coróide, que formarão alguns pontos de calcificação durante o processo de crescimento e desenvolvimento. Contudo, estas manchas calcificadas geralmente não causam quaisquer sintomas aos pacientes e os pacientes não precisam de se preocupar demasiado. Contudo, algumas das múltiplas calcificações no cérebro são causadas por doenças tais como doenças hereditárias, doenças tumorais, doenças congénitas do metabolismo genético, hipoparatiroidismo, toxicidade da vitamina D, etc. Recomenda-se que se procurem estas causas.