Se a vaginite bacteriana pode afectar o desenvolvimento do feto depende da severidade da vaginite e do seu tratamento. Os casos ligeiros de vaginite bacteriana, quando tratados prontamente, podem não ter efeito no desenvolvimento do feto se as bactérias não infectarem o útero e as lesões não envolverem o útero. Contudo, se a inflamação for grave e não for tratada rapidamente, e a bactéria infectar o colo do útero, o corpo do útero ou mesmo entrar no líquido amniótico, o desenvolvimento do feto pode ser afectado. Quando ocorre uma infecção a montante, é mais provável que a mulher grávida tenha uma ruptura prematura das membranas, pré-eclâmpsia, aborto, infecção intra-uterina, e o feto pode ter limitado ou mesmo parado o crescimento intra-uterino. Quando as bactérias invadem as membranas coriónica e amniótica, pode causar corioamnionite e amnionite, aumentando o risco de rotura prematura das membranas e, portanto, de nascimento prematuro. A vaginite bacteriana durante a gravidez também aumenta o risco de infecção neonatal e icterícia, o que constitui uma ameaça directa para a saúde do recém-nascido. As mulheres grávidas devem procurar aconselhamento médico para identificar a causa da sua doença e escolher o medicamento que terá o menor impacto sobre o bebé.