As causas da sepsis neonatal são mais complexas do que deveriam ser. A medicina moderna acredita que é principalmente causada por infecção com Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Klebsiella e Streptococcus do Grupo B. As formas de infecção são: 1, infecção intra-uterina: quando a mãe tem uma infecção durante a gravidez (como a septicemia, etc.), a bactéria pode infectar o feto através da corrente sanguínea da placenta. O feto pode sofrer de pneumonia, gastroenterite, otite média, etc., devido à inalação ou ingestão de líquido amniótico contaminado, e depois desenvolver-se para sepsis. As bactérias também podem entrar na corrente sanguínea directamente da pele e membranas mucosas partidas devido a má desinfecção, parto mal assistido, lesões de ressuscitação, etc. As bactérias podem entrar na corrente sanguínea através da pele, membranas mucosas, tracto respiratório, tracto gastrointestinal e tracto urinário, sendo o umbigo o portal mais fácil de entrar para as bactérias. As infecções nosocomiais são susceptíveis de ocorrer nas seguintes situações: 1. crianças tratadas na unidade de cuidados neonatais (UCIN); 2. crianças com tratamentos invasivos tais como entubação traqueal e entubação da veia umbilical; 3. crianças com longas estadias hospitalares; 4. crianças submetidas a tratamento cirúrgico; 5. enfermarias cheias; 6. crianças tratadas com antibióticos de largo espectro durante longos períodos de tempo.