É causada por displasia do útero, bem como por desordens endócrinas. O endométrio prolifera e vertebrados sob a regulação do estrogénio e da progesterona, e após a sua descarga é descarregado através do colo do útero e da vagina para formar menstruação.
Quando uma doente tem um útero displásico sem endométrio ou cavidade uterina, ou quando o endométrio é demasiado fino e não responde à estimulação do estrogénio, sem crescimento endometrial regular e descamação, não se pode formar menstruação; quando não há vagina, a menstruação não pode fluir para fora e podem ocorrer dores abdominais periódicas, pelo que todas estas condições podem levar à ausência de menstruação.