Há muitas causas de aborto espontâneo recorrente, com anomalias anatómicas que representam 10%, principalmente qualquer preparação que afecte o fluxo sanguíneo para o útero e o endométrio irá causar aborto espontâneo. As malformações congénitas do útero são uma causa comum de aborto prematuro. As anomalias uterinas incluem útero longitudinal, útero unicornado e útero bicornado, resultando numa pequena cavidade uterina que não se pode expandir para acomodar o desenvolvimento e expulsão do embrião, e um fluxo de sangue deficiente para o útero longitudinal, tornando-o impróprio para o desenvolvimento embrionário. O desenvolvimento congénito anormal do colo do útero, ou traumatismo do aborto durante a gravidez inicial, resultando numa abertura cervical solta que não pode suportar a pressão intra-uterina de um feto aumentado e leva a um aborto espontâneo. Nos últimos anos, tem havido um aumento acentuado do número de operações intra-uterinas, resultando na formação traumática de aderências uterinas, que deformam a cavidade uterina e, em casos pesados, afectam a formação do leito e da placenta, resultando em abortos prematuros. A incidência de fibróides é elevada nas mulheres, e quando os fibróides submucosos são grandes, bloqueiam a cavidade uterina e afectam a implantação, levando a um aborto espontâneo. As deformidades uterinas podem ser tratadas com cirurgia plástica, os fibróides podem ser tratados com miomectomia ou faca focalizada por ultra-sons, separação histeroscópica das aderências uterinas e ligadura endocervical às 16-20 semanas de gestação em casos de abertura endocervical flácida.