Há muitas causas de aborto espontâneo recorrente, com factores endócrinos de 10%. A formação do corpo lúteo após a ovulação segrega progesterona, que transforma o endométrio numa fase de secretariado em preparação para a implantação do óvulo grávido. Se a progesterona não for suficientemente secretada, o endométrio não está preparado para a fase de secretariado, o que afecta o desenvolvimento precoce do embrião e conduzirá a um aborto espontâneo. A insuficiência luteinizante é a causa endócrina mais comum de aborto espontâneo habitual. A insuficiência luteinizante é mais comum em mulheres grávidas com síndrome do ovário policístico, endometriose, indução pobre da ovulação com baixo A. Em doentes com diabetes mellitus insulino-dependentes, o fluxo sanguíneo para o útero pode ser afectado pela patologia vascular, o que pode afectar o desenvolvimento embrionário. A insuficiência luteal pode ser aumentada pela indução da ovulação, fase luteal com HCG ou progesterona oral. A função tiroideia baixa também predispõe ao aborto, e a suplementação da tiróide é suficiente, mas é vista mais raramente.