A duração do isolamento para a DEFM é determinada pela contagiosidade da doença e, portanto, deve ser mantida até que o doente não seja contagioso. Uma vez diagnosticada a DMF, a criança deve ser isolada em casa até que a temperatura tenha normalizado, as erupções cutâneas tenham diminuído e as bolhas tenham crostalizado, o que demora cerca de 2 semanas, pelo que a duração do isolamento é de cerca de 2 semanas desde o início da doença. HFMD é muito contagioso e é mais contagioso dentro de 1 semana após o seu início. A doença das mãos, pé e boca é principalmente disseminada pela via fecal-oral, mas também pode ser disseminada por gotículas respiratórias. Por conseguinte, durante o isolamento, é importante lavar as mãos frequentemente e desinfectar todos os artigos utilizados pela criança, quer por imersão numa solução desinfectante, quer por fervura.