Não existe consenso na comunidade académica quanto à causa da língua rachada. Pode estar relacionada com a idade, uma vez que o envelhecimento do corpo leva a uma redução da capacidade da língua de absorver nutrientes, resultando em perturbações metabólicas e fissuras.
Certas doenças sistémicas estão frequentemente associadas à língua fendida, incluindo displasia congénita, síndrome de Down, deficiências nutricionais como deficiência de vitamina B2 (riboflavina), causas infecciosas como a linguite sifilítica, e algumas doenças raras como a síndrome de Melkersson-Rosenthal (síndrome de May-Ro).
Está também associada a factores genéticos, com uma linha familiar de alta incidência encontrada.