A esperança de vida de uma pessoa com doença cardíaca congénita está geralmente relacionada com o tipo de doença cardíaca congénita sofrida. As crianças nascidas com doenças cardíacas congénitas complexas, como o ventrículo único, tronco arterial permanente, transposição das grandes artérias e dupla saída do ventrículo direito, podem morrer antes de terem dois ou três anos de idade. Crianças com tetralogia de Fallot, que frequentemente sofrem morte súbita devido à falta de oxigénio, vivem geralmente na adolescência, mas há pacientes que vivem até aos 20 anos de idade. Crianças com malformações do canal atrioventricular e drenagem venosa pulmonar ectópica podem desenvolver rapidamente hipertensão pulmonar, o que pode afectar a sua esperança de vida. As doenças precordial simples, tais como a patente do canal arterial, defeito do septo atrial e defeito do septo ventricular são mais comuns em adultos na prática clínica, e há pacientes com defeito do septo atrial e defeito do septo ventricular que vivem até aos 50 anos, mas perderam a oportunidade de serem operados e têm uma má qualidade de vida.