Existem muitas causas de neutropenia, mas as mais comuns são os medicamentos, radiação e factores auto-imunes.
A contagem de neutrófilos pode normalmente ser restaurada após a remoção da causa e o tratamento dos sintomas. Na neutropenia grave, contudo, o corpo é incapaz de desenvolver uma resposta inflamatória eficaz para combater a infecção e a taxa de mortalidade é elevada.