Há muitas causas de fezes de muco, e o mecanismo das fezes de muco varia de causa para causa. Em geral, as fezes de muco são principalmente causadas por vários factores patológicos que estimulam a inflamação e o derrame das vilosidades ou do revestimento intestinal do intestino grosso, enquanto que as doenças infecciosas do intestino também causam frequentemente fezes de muco. Alguns doentes não têm patologia intestinal orgânica, mas estão estreitamente relacionados com a estimulação mental, o esforço e os distúrbios dietéticos. Por conseguinte, existem muitas causas de fezes de muco. Quando ocorrem fezes de muco, a causa deve ser prontamente identificada e activamente tratada.