As IU são inflamações das células epiteliais do tracto urinário e normalmente não afectam a menstruação. No entanto, como a abertura da uretra está muito próxima da vagina, as IU podem facilmente causar infecções ginecológicas por infecção cruzada, ou se uma mulher tiver uma infecção vaginal recorrente a longo prazo, isto também pode afectar a menstruação se tiver uma IU combinada com uma infecção ginecológica. A vaginite não tratada e as IU podem causar inflamação a montante do colo do útero ou endométrio, ou mesmo inflamação pélvica e anexial, o que pode facilmente levar a irregularidades menstruais. Além disso, o tratamento UTI com uso prolongado e pesado de medicamentos anti-infecciosos também pode levar a menstruação irregular.