As consequências de não tratar um doente com um cisto meniscal estão relacionadas com o tamanho do cisto.
Se o cisto for pequeno e não estiver inteiramente na zona de peso do menisco, há um risco de dor no joelho com altos níveis de exercício e actividade, ou um maior risco de lesão de laceração meniscal na presença de lesão violenta, devido ao aumento da fragilidade do tecido meniscal causado pelo cisto. Se o cisto meniscal for grande ou completamente na área que suporta o peso do menisco e for deixado sem tratamento, os doentes sentirão geralmente dores no joelho durante as actividades de marcha para baixo, o que pode afectar a sua vida diária.