Em geral, a ablação convencional de cateteres só é indicada para arritmias com um único ponto focal e não para arritmias de múltiplas origens. A ablação do cateter é realizada num laboratório de cateteres equipado com equipamento especial de exame electrofisiológico e ablação do cateter. O objectivo do exame electrofisiológico é diagnosticar e localizar a arritmia e o tratamento da ablação é realizado após a localização da arritmia ter sido determinada, o que é um procedimento em 2 partes. O paciente deita-se na mesa de operações e na maioria dos casos está consciente, em alguns casos é dada uma quantidade moderada de sedação aos pacientes que estão emocionalmente stressados. Sob anestesia local, os grandes vasos periféricos são perfurados, o acesso ao cateter cardíaco é estabelecido e 2 a 5 cateteres multi-electrodo são colocados em vários locais do coração sob fluoroscopia de raios X. Os cateteres de eléctrodos são ligados a um electrofisiologista para que as formas de onda dos impulsos eléctricos em diferentes locais do coração (electrogramas intracardíacos) possam ser visualizadas no monitor de electrofisiologia, que também é chamado de eléctrodo marcador e é utilizado para fins de diagnóstico. Uma vez que a localização da lesão seja relativamente clara, é inserido um cateter de ablação para identificar melhor a localização da lesão e efectuar a ablação. O procedimento de ablação da fibrilação atrial difere da ablação convencional por cateter, na medida em que a maioria das ablações de fibrilação atrial requer actualmente um sistema escalar tridimensional para construir um modelo tridimensional do átrio esquerdo, que depois orienta a ablação do local apropriado.