Como a IUI envolve a injecção de esperma na cavidade uterina, existe o risco de complicar as infecções do tracto reprodutivo. Tem havido relatos de infecções pélvicas associadas à inseminação intra-uterina no estrangeiro, mas a incidência é baixa. A assepsia intra-operatória e a adição de penicilina e estreptomicina ao líquido de cultura podem ser eficazes na prevenção da infecção. A utilização de Percoll e do método a montante pode ser mais eficaz na redução de bactérias no sémen. Além disso, como a inseminação intra-uterina é frequentemente tratada com promoção da ovulação, existe um risco de síndrome de hiperestimulação ovariana, da qual a incidência de síndrome de hiperestimulação grave é de cerca de 1%. As gravidezes múltiplas e os abortos são também comorbilidades, e a incidência de gravidezes múltiplas e abortos espontâneos pode atingir 20-30% em pacientes com inseminação intra-uterina para a gravidez. A formação de anticorpos anti-espermatozóides no tracto reprodutivo feminino também foi relatada, sendo a incidência de anticorpos anti-espermatozóides positivos nas mulheres após a inseminação intra-uterina de aproximadamente 4-8%.