A gastroenterite infecciosa é uma condição em que o tracto gastrointestinal é infectado por microrganismos patogénicos e não só se torna disfuncional, como também os tecidos do tracto gastrointestinal sofrem alguns danos e ficam inflamados. Em contraste, na gripe gastrointestinal, só há disfunção no tracto gastrointestinal e não há lesões parenquimatosas.