A possibilidade de infecção intra-uterina pode existir após a infecção por Chlamydia trachomatis na mãe durante a gravidez. A via de infecção da criança é principalmente através do canal de parto contaminado e o recém-nascido infectado apresenta-se principalmente com pneumonia neonatal e ceratite conjuntival. Portanto, os recém-nascidos com possível infecção precisam de receber o tratamento necessário o mais cedo possível após o nascimento.