Para pacientes com estenose anal leve, está disponível um tratamento conservador através da modificação da dieta, adição de fibra alimentar, alteração dos hábitos intestinais, utilização de amaciadores fecais, e dilatação anal manual ou mecânica.
Para pacientes com estenose anal moderada ou grave, é necessária esfincterotomia e vários procedimentos de anoplastia.