Há muitos medicamentos que causam lesões gastroduodenais, principalmente devido aos efeitos secundários dos medicamentos que podem levar a úlceras pépticas complicadas por perfuração. Os anti-inflamatórios não esteróides como o ibuprofeno, indometacina e aspirina são os medicamentos mais comuns que causam lesão gastroduodenal, outros incluem glucocorticoides, clopidogrel, bisfosfonatos e sirolimus.