A perfuração é uma das complicações mais graves das úlceras pépticas. Quando uma úlcera penetra na parede do estômago ou duodeno causando perfuração, pode causar hemorragia e dor abdominal. Existem várias consequências diferentes da perfuração. A perfuração aguda pode levar a peritonite aguda, choque ou, em casos graves, hemorragia com risco de vida se não for tratada prontamente. As perfurações crónicas podem penetrar os órgãos circundantes, incluindo o fígado, baço e pâncreas, e formar fístulas, tais como fístulas biliares através do ducto biliar comum e fístulas intestinais através do ducto intestinal.