O nistagmo neonatal não costuma resolver-se por si só, podendo ocorrer complicações como o estrabismo e a ambliopia devido à falta de tratamento corretivo atempado. A causa exacta do nistagmo neonatal ainda não é clara e pode estar relacionada com factores como a genética e o desenvolvimento do centro motor do olho. De um modo geral, a recuperação não é gradual e os métodos actuais de investigação e tratamento médico não são capazes de resolver o problema a partir da sua causa principal, que tem de ser descoberta e corrigida a tempo do tratamento. Os principais tratamentos para o nistagmo neonatal são cirúrgicos ou não cirúrgicos, o principal objetivo é melhorar o estado do nistagmo e melhorar a posição compensatória da cabeça, e se houver um erro refrativo, este deve ser corrigido primeiro e, dependendo das circunstâncias específicas, podem também ser escolhidos tratamentos cirúrgicos como a transposição da banda intermédia. Recomenda-se que o nistagmo congénito que ocorre em crianças seja detectado atempadamente e procure tratamento médico, complete exames electrofisiológicos e outros exames auxiliares e, em seguida, escolha o método de tratamento ou correção de acordo com as circunstâncias específicas.