O transplante hematopoiético de células estaminais pode ser o único tratamento que pode erradicar a leucemia granulocítica crónica. O HSCT não é frequentemente utilizado na leucemia linfocítica crónica devido à idade do paciente e a outras razões. O tratamento medicamentoso tanto para a leucemia granulocítica crónica como para a leucemia linfocítica crónica é mais eficaz e pode levar à sobrevivência a longo prazo ou mesmo à cura completa de alguns pacientes, com resultados a longo prazo comparáveis ao transplante de células estaminais hematopoiéticas e a um tratamento de vida mais elevado, tendo-se tornado o principal tratamento.
No entanto, é importante notar que o TCTH não é uma opção de tratamento de primeira linha e é normalmente utilizado apenas para pacientes que falharam a terapia de primeira linha, estão em alto risco, recaídas ou avançadas, e que o TCTH também pode causar complicações tais como infecção, hemorragia e rejeição.