O prognóstico da leucemia crónica depende de uma variedade de factores, incluindo sexo, idade, estado físico, doença concomitante, indicadores de testes laboratoriais, estadiamento e resultado do tratamento. O tratamento agressivo e regular é geralmente eficaz para melhorar a qualidade de vida dos doentes e prolongar a sobrevivência.
Antes da era do inibidor da tirosina quinase (TKI), o tempo médio de sobrevivência da leucemia granulocítica crónica era de 39-47 meses. Actualmente, com o tratamento TKI, a sobrevivência na leucemia granulocítica crónica é muito prolongada e está próxima da da coorte normal. No caso da leucemia linfocítica crónica, o tempo de sobrevivência tende a variar consideravelmente de paciente para paciente, com duração variável da doença. No entanto, se não for tratada, a leucemia crónica pode progredir rapidamente e ter um mau prognóstico.