O medicamento preferido para tromboflebite precisa de ser escolhido de acordo com o tipo de doença.
Para a tromboflebite superficial, o tratamento sintomático com medicamentos anti-inchaço e analgésicos e creme de polissulfato de mucopolissacarídeo tópico também pode ajudar a aliviar os sintomas da flebite superficial. Para a trombose venosa profunda, o principal objectivo do tratamento é prevenir o embolismo pulmonar, especialmente nas fases iniciais da doença quando o trombo está solto, não aderente à parede do vaso e facilmente deslocado, e deve ser tratado com anticoagulação activa. Para trombose aguda com maior envolvimento e maior carga de trombo, pode ser considerada a trombólise local do cateter sob intervenção. Em casos de co-infecção com infecção bacteriana, o antibiótico correspondente tem de ser seleccionado de acordo com o tipo de bactérias que o infectam.