A intolerância alimentar é uma condição comum em bebés prematuros, que é causada por nascimento prematuro, imaturidade do tracto gastrointestinal do bebé e falta de motilidade gastrointestinal, resultando numa série de manifestações clínicas incapazes de tolerar os alimentos que lhes são dados, manifestando-se principalmente como distensão abdominal, indigestão dos alimentos, resultando num aumento da retenção gástrica e redução da produção de fezes, muitas vezes acompanhada por ritmo cardíaco instável e oxigénio no sangue, e cianose da pele. Isto pode, por vezes, ser difícil de gerir. A frequência das rações pode ser reduzida ou a quantidade de alimentos reduzida ou a fortificação do leite materno pode ser adicionada. Outras causas de intolerância alimentar incluem infecções neonatais, apneia e outras condições médicas, pelo que o controlo de infecções e outras condições médicas é também uma forma de melhorar a intolerância alimentar.